Analyse de réseaux de régulation par approches de coloration de graphes dans le cadre du myélome multiple
Bertrand Miannay
05 décembre – 14:00
Amphithéâtre Bâtiment S du LS2N, Ecole Centrale, 1 rue de la Noë 44000 Nantes
Directeur de thèse : Stéphane Minvielle
Equipe 11 : Integrative oncogenomics of multiple myeloma pathogenesis and progression
Département : Nuclear Oncology and Hematological Malignancies
Résumé de thèse :
Au cours des 2 dernières décennies, l’explosion des capacités de production de données biologiques et des connaissances sur les interactions biologiques ont permis le développement de nombreuses approches intégrant des données avec des connaissances plus générales. Notre principal objectif était de proposer de nouvelles méthodes de caractérisation et de comparaison de profils d’expressions de gènes issus de cellules cancéreuses d’individus atteints de myélome multiple et de plasmocytes normaux. Pour cela, nous proposons 2 méthodes basées sur les colorations de graphes de régulation. La première, qui permet d’inférer l’état des protéines et des facteurs de transcription à partir d’un profil d’expression, nous a permis d’identifier des activités de facteurs de transcription impliqués dans ces tumeurs. La seconde méthode permet de diviser un réseau de régulation en plusieurs sous-graphes indépendant (des composants) vis à vis de colorations dites « parfaites ». Via cette approche, nous avons pu évaluer la similarité entre les profils d’expression et les états « parfait » des composants et en identifier spécifiquement perturbés dans les cellules cancéreuses associés à des voies oncogéniques.
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