GeXplore : développement d’une approche génomique pour étudier les interactions hôte- pathogène

Stanimir Kambarev

08 novembre

Amphithéâtre Denis Escande, IRS-UN, 8 quai Moncousu 44000 Nantes

Directeurs de thèse : Stéphane Corvec et Frédéric Pécorari

Equipe 13 : Oncologie nucléaire

Département : Nuclear Oncology and Hematological Malignancies Department

Résumé de thèse :

Les technologies d’études génomiques ont été utilisées avec succès pour l’identification de facteurs de virulence bactériens ou de vaccins potentiels. Malheureusement, la complexité et les limitations intrinsèques relatives à ces approches ont entravé leur large diffusion. Nous présentons le développement d’une technologie d’étude à l’échelle du génome entier, appelée GeXplore. Elle est basée sur le ribosome display et a été conçue pour fonctionner en conditions in vitro, afin d’éviter des inconvénients d’approches telles que le phage display. Nous avons utilisé la plate-forme Illumina pour obtenir la carte-génomique de 3 espèces : S. aureus, S. gallolyticus et M. ulcerans. Les génomes obtenus ont été caractérisés et utilisés comme références pour l’analyse des banques et produits de sélection. Nous avons développé et optimisé ensuite une stratégie de clonage alternative qui permet la préparation in vitro des banques et leurs amplifications. Nous avons analysé la représentativité des banques à l’aide du NGS et observé un biais pour les séquences pauvres en Gc. Puis, nous avons amélioré la spécificité de notre méthode et l’avons validée en utilisant une interaction protéine-ligand bien caractérisée. GeXplore est ainsi capable d’identifier de multiples domaines de ligands au sein de banques génomiques provenant d’organismes pathogènes. Enfin, nous avons tenté d’identifier les immunoprotèomes de S. gallolyticus et M. ulcerans en utilisant des anticorps provenant de patients. Nous démontrons que notre méthode permet d’identifier de multiples domaines de protéines exposées à la surface présentant des propriétés potentiellement antigéniques / immunogènes.